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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  44 lines
  1. ***********************************************
  2. * Receptor tyrosine kinase class V signatures *
  3. ***********************************************
  4.  
  5. A number of growth factors  stimulate mitogenesis by interacting with a family
  6. of   cell  surface receptors which   possess  an  intrinsic, ligand-sensitive,
  7. protein tyrosine kinase activity [1].   These  receptor tyrosine kinases (RTK)
  8. all share the same topology: an  extracellular ligand-binding domain, a single
  9. transmembrane  region and a cytoplasmic  kinase domain.   However  they can be
  10. classified into at  least  five groups on the basis of  sequence similarities.
  11. The extracellular domain of class V RTK's consist  of  a  region  of about 300
  12. amino acids,  amongst  which  16  conserved    cysteines  probably involved in
  13. disulfide bonds;  this  region is followed by two copies of a fibronectin type
  14. III domain. The receptors currently known to belong to class V are [2,3]:
  15.  
  16.  - Human receptor Eck
  17.  - Rat receptor Elk and its probable homolog in chicken, Cek5.
  18.  - Human receptor Eph.
  19.  - Human receptor Hek, known as Mek4 in mouse, and Cek4 in chicken.
  20.  
  21. Currently, the nature of the ligands for these receptors is not yet known.  We
  22. developed two  signature  patterns for this class of RTK's, which each include
  23. some of the conserved cysteine residues.
  24.  
  25. -Consensus pattern: [GA](2)-C-[LIVM]-[SA]-[LIVM](2)-[SA]-V-R-V-[FY](2)-x-[KR]-
  26.                     C-P
  27.                     [The two C's are probably involved in disulfide bonds]
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Consensus pattern: C-x(2)-[DE]-G-E-W-[LIVM](2)-P-[LIVM]-G-x-C-x-C-x(2)-G-Y-E
  32.                     [The three C's are probably involved in disulfide bonds]
  33. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  34. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  35.  
  36. -Last update: December 1992 / First entry.
  37.  
  38. [ 1] Yarden Y., Ullrich A.
  39.      Annu. Rev. Biochem. 57:443-478(1988).
  40. [ 2] Sajjadi F.G., Pasquale E.B., Subramani S.
  41.      New Biol. 3:769-778(1991).
  42. [ 3] Wicks I.P., Wilkinson D., Salvaris E., Boyd A.W.
  43.      Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 89:1611-1615(1992).
  44.